A Natura 2000 hálózat az Európai Unió egyik jelentős természetvédelmi eszköze, amelynek célja a közösségi jelentőségű élőhelyek, növény- és állatfajok, valamint a madárfajok hosszú távú fennmaradásának biztosítása. Magyarországon a Natura 2000 területek közel 1,95 millió hektárt foglalnak magukba, ami az ország területének mintegy 21%-át jelenti. A hálózat részben már meglévő védett természeti területekre épül, ugyanakkor számos olyan területet is magában foglal, amely nem áll országos vagy helyi védettség alatt.
Elsőként tisztáznunk kell tehát, hogy a Natura 2000 kijelölés önmagában nem jelent teljes gazdálkodási tilalmat. A területeken továbbra is folytatható mezőgazdasági, erdőkezelési, vadgazdálkodási vagy egyéb hasznosítási tevékenység, amennyiben az nem veszélyezteti a kijelölés alapjául szolgáló fajok és élőhelyek kedvező természetvédelmi helyzetének fenntartását. A Natura 2000 területeken végzett tevékenységek alapvető követelménye tehát az, hogy azok összeegyeztethetők legyenek a természetvédelmi célokkal.
Ezeken a területeken a tervezett tevékenységek megkezdését a természetvédelmi hatóság is véleményezheti. A hatósági feladatokat főszabály szerint a vármegyei kormányhivatalok látják el természetvédelmi hatóságként, míg bizonyos, országos jelentőségű vagy több vármegyét érintő ügyekben a Pest Vármegyei Kormányhivatal jár el országos illetékességgel.
A Natura 2000 területeken végzett tevékenységek engedélyezésének részletes szabályait az európai közösségi jelentőségű természetvédelmi rendeltetésű területekről szóló 275/2004. (X. 8.) Korm. rendelet tartalmazza. Amely alapján a védett természeti területnek nem minősülő Natura 2000 területeken természetvédelmi hatósági engedély szükséges többek között a gyepterületek feltöréséhez, felültetéséhez vagy faültetvénnyé alakításához, a terület helyreállításához, bizonyos fás növényzet telepítéséhez vagy kivágásához, valamint nagylétszámú közösségi és sportesemények megrendezéséhez.
Az erdőkezelési tevékenységek, köztük a fakitermelés esetében is megemlítendő, hogy az említett területeken az erdőkezelés alapvetően nem tiltott, azonban annak módját a természetvédelmi szempontok figyelembevételével kell meghatározni. Az erdőtervezés és az erdőgazdálkodási tevékenységek során figyelemmel kell lenni a Natura 2000 terület kijelölésének alapjául szolgáló élőhelyek és fajok védelmére. A fakitermelés időzítését, módszerét és mértékét ennek megfelelően kell megválasztani.
Az erdőkben végzett fakitermelés során gyakran alkalmaznak olyan természetvédelmi előírásokat, mint az idős vagy odvas fák visszahagyása, a biotóp- és habitatfák kijelölése, a holtfa megőrzése, a védett vagy fokozottan védett fajok élőhelyeinek kímélete, illetve bizonyos területrészek érintetlenül hagyása. Figyelmet kell fordítani a madarak költési időszakára, valamint a denevérek, ízeltlábúak és más közösségi jelentőségű fajok élőhelyeinek megóvására. Egyes esetekben a természetvédelmi kezelési szempontok a fakitermelés időbeli korlátozását vagy speciális technológiák alkalmazását is előírhatják.
Amennyiben egy tervezett beruházás, fejlesztés vagy gazdálkodási beavatkozás várhatóan jelentős hatással lehet a terület természetvédelmi célkitűzéseire, a hatóság Natura 2000 hatásbecslési dokumentáció elkészítését is előírhatja. A hatásbecslés célja annak igazolása, hogy a tervezett tevékenység nem okoz jelentős kedvezőtlen hatást a terület természetvédelmi értékeiben. Az engedélyezési eljárás során a természetvédelmi hatóság megvizsgálja a tervezett tevékenység várható hatásait, és szükség esetén feltételeket, korlátozásokat vagy természetvédelmi előírásokat állapít meg.
Elmondható tehát, hogy Natura 2000 területen gazdálkodási, mezőgazdasági, erdőkezelési vagy akár fejlesztési tevékenység is végezhető, beleértve a fakitermelést is. A tevékenységek azonban csak akkor valósíthatók meg, ha azok nem veszélyeztetik a hálózat kijelölésének alapjául szolgáló természeti értékeket, és megfelelnek a vonatkozó természetvédelmi előírásoknak. A rendszer alapelve nem a gazdálkodás kizárása, hanem a természeti értékek megőrzésével összehangolt, fenntartható területhasználat biztosítása. Ennek eredményeként az ilyen területeken található faanyag hasznosítása engedélyezett, ugyanakkor annak módját és mértékét nem kizárólag az erdőkezelők, és nem is önállóan az erdészeti hatóság határozza meg. Az erdőkezelési beavatkozások tervezése és engedélyezése során előzetesen a szakmai szervezetek együttműködésével, a természetvédelmi célok figyelembevételével születnek meg.